Bydd pedwar awdurdod lleol yn Ne-orllewin Cymru yn cadw 50% o'r ardrethi busnes a gynhyrchir gan brosiectau Bargen Ddinesig Bae Abertawe yn eu hardaloedd.
Mae Mark Drakeford, Ysgrifennydd Cabinet Llywodraeth Cymru dros Gyllid, wedi cynnig cytundeb o ran egwyddor i'r trefniant.
Bydd y cytundeb yn sbarduno buddsoddiad pellach yn Ninas-ranbarth Bae Abertawe, drwy helpu Cyngor Sir Caerfyrddin, Cyngor Sir Penfro, Cyngor Castell-nedd Port Talbot a Chyngor Dinas Abertawe i reoli'r buddsoddiad sydd ei angen i gyflawni rhaglen y Fargen Ddinesig sydd werth £1.3 biliwn, dros y pum mlynedd nesaf.
Hwn fyddai'r cytundeb cyntaf o'i fath ar gyfer unrhyw Fargen Ddinesig yng Nghymru.
Dywedodd Mark Drakeford, yr Ysgrifennydd Cyllid: "Rwy'n falch o allu cytuno, o ran egwyddor, ar y dull hwn sy'n ymwneud â chadw ardrethi busnes Bargen Ddinesig Bae Abertawe.
"Bydd y trefniadau hyn yn helpu i roi'r sicrwydd sydd ei angen ar y rhanbarth i lunio ei gynlluniau ariannu a'i alluogi i symud ymlaen â'r rhaglen arwyddocaol hon o ran buddsoddi."
Dywedodd y Cynghorydd Rob Stewart, Arweinydd Arweiniol Dinas-ranbarth Bae Abertawe: "Mae'r datblygiad sylweddol hwn yn ffrwyth misoedd o drafodaethau cynhwysfawr â Llywodraeth Cymru wrth i ni geisio sicrhau bod Bargen Ddinesig Bae Abertawe yn gwneud gymaint o wahaniaeth â phosibl i fywydau pobl ledled De-orllewin Cymru.
"Mae ardrethi busnes yn ffrwd incwm bwysig i awdurdodau lleol, gan gynrychioli oddeutu 10 i 15% o gyllid y cynghorau. Rydym yn cydnabod nad ellir cyfiawnhau cadw 100% o'r ardrethi ar lefel lleol oherwydd byddai cynghorau sydd â marchnadoedd tai cryf mewn sefyllfa llawer gwell i elwa, ond rydym yn bendant ein barn y dylid gadael i gynghorau sydd â Bargenion Dinesig ar waith gadw 50% o'r cyfraddau incwm a gynhyrchir gan brosiectau'r Fargen Ddinesig yn eu hardaloedd.
"Hwn yw'r trefniant cyntaf o'i fath yn y DU o ran y Fargen Ddinesig. Bydd yn helpu i ariannu'r prosiectau presennol a phrosiectau'r dyfodol ledled Dinas-ranbarth Bae Abertawe, yn ysgogi twf economaidd pellach, yn creu hyd yn oed yn rhagor o swyddi ac yn helpu wrth i ni geisio gwneud arbedion sylweddol sy'n ofynnol o ganlyniad i gyni."
Mae Bargen Ddinesig Bae Abertawe yn fuddsoddiad o £1.3 biliwn mewn 11 prosiect ledled De-orllewin Cymru, a gyllidir gan Lywodraeth y DU a Llywodraeth Cymru, y sector cyhoeddus a'r sector preifat, yn amodol ar gymeradwyo achosion busnes prosiectau. Bydd y Fargen Ddinesig, sydd werth £1.8 biliwn i'r economi ranbarthol, yn creu 10,000 o swyddi o ansawdd uchel yn ystod y 15 mlynedd nesaf.
Bydd lleoedd newydd ar gyfer busnesau yn cael eu creu yn sgil prosiectau'r Fargen Ddinesig megis Yr Egin yng Nghaerfyrddin, y Pentref Gwyddorau Bywyd a Llesiant yn Llanelli, ac Ardal Ddigidol Dinas Abertawe a'r Glannau, a fydd yn cynnwys pentref digidol ar gyfer busnesau technegol ar Ffordd y Brenin yng nghanol y ddinas. Bydd y prosiect Gwyddoniaeth Dur yng Nghastell-nedd Port Talbot a datblygiad Doc Penfro yn diogelu ac yn datblygu ymhellach rai o ddiwydiannau allweddol y rhanbarth.
Dywedodd y Cynghorydd Stewart: "Disgwylir y bydd cyfraddau incwm y prosiectau trawsnewidiol hyn yn sylweddol, felly mae ond yn deg bod 50% o'r incwm a gynhyrchir o fudd i'r trigolion yn ardaloedd y datblygiadau.
"Mae'r model ariannol newydd hwn hefyd yn golygu rhagor y gynnydd ar gyfer y Cytundeb Cydweithio a fydd yn amlinellu egwyddorion y Fargen Ddinesig. Mae'r Cytundeb Cydweithio wrthi'n cael ei gwblhau, a disgwylir y bydd y pedwar cyngor rhanbarthol yn ystyried y cytundeb i'w gymeradwyo yn ystod y misoedd nesaf.
"Bellach mae wyth o 11 achos busnes prosiectau'r Fargen Ddinesig hefyd wedi'u cyflwyno i Lywodraeth y DU a Llywodraeth Cymru i'w cymeradwyo, a disgwylir y gymeradwyaeth gyntaf yr haf hwn."